Název Jílovice asi nebyl odvozen od jílovců (rýžování zlata), jak se domnívá historik Jireček, spíše dostala obec jméno po jílovité, čili hlinité půdě, na níž byla založena. Když se sedlska, čili dědiny, počaly v tomto kraji množiti, má se za to, že vznikla Jílovice Velká nebo Vetší Jílovice na rozdíl od Menší Jílovice nebo také Jílovičky - Vesky.
Prvními majiteli obce byli páni z Landštejna. Jan z Landštejna prodal roku 1366 polovinu panství třeboňského s vesnicemi Jílovice a Veska bratřím Petrovi, Joštovi, Oldřichovi a Janovi z Rožmberka. V té době již zde byl kostel sv. Jakuba. Roku 1458 zastavil Jan z Rožmberka Jílovice Hanušovi Gnauerovi od Hory, měšťanu z Jindřichova Hradce a jeho manželce Dorotě.
V té době žil v Jílovicích rytíř Vojtěch, který byl obžalován Markétou z Doudleb, že držel dědiny, které jí patřily. Snad zástavou na dluh byly Jílovice krátkou dobu v držení rytířské rodiny Višně z Větrně. Od Jana Višně je roku 1550 vykoupili rožmberští poručníci Jeroným Šlik, hrabě z Pozounu a Oldřich Holický ze Šternberka za 435 kop grošů.
Roku 1551 zastavil Jílovice pan Vilém z Rožmberka paní Kateřině Kořenské z Terešova. Roku 1600 byly Jílovice po zrušení august. kláštera v Borovanech (odtud dojížděli klášterníci konat bohoslužby do Jílovic) vloženy dvory kmetcí v Jílovicích pánům z Rožmberka v dědičný majetek.
Vymřením Rožmberků roku 1611 přešlo třeboňské panství na pány ze Švamberka jen do roku 1619. Petru Švamberkovi, jeho ženě vdově Maxmiliáne bylo třeboňské panství odňato za účast v odboji proti habsburskému císaři Ferdinandovi a 2.1.1647 bylo darováno arcivévodovi Leopoldu Vilémovi, který je 2.1.1660 prodal hraběti (od roku 1670 knížeti) Janu Adolfu 1. ze Schwarzenberga. V tomto majetku zůstala obec Jílovice až do roku 1848, kdy bylo zrušeno poddanství a robota.
Roku 1786 zde byla postavena fara. Roku 1894 zde byl založen hasičský sbor. Tři kilometry jihozápadně od Jílovic protéká říčka Stropnice. Stropnice do roku 1948 tvořila hranici mezi politickými okresy České Budějovice a Třeboň. V nivě Stropnice byla v roce 1992 vyhlášena národní přírodní rezervace Brouskův mlýn (138 ha). V blízkosti říčky Stropnice byla v letech 1868 až 1870 postavena západní větev Dráhy Františka Josefa, vedoucí z Vídně do Českých Budějovic a Plzně. V roce 1906 byla v lese zřízena zastávka Jílovice. V roce 1913 byla opodál postavena nádražní budova a 1.5.1914 byla zde zřízena železniční stanice, u které postupně vznikla živá osada Jílovice-nádraží. U nádraží byl sklad Hospodářského družstva (nyní nepřístupné soukromé muzeum motocyklů) a parní pila (Stašek), ze které se stala výrobna cementových rour (od počátku 90. let je objekt opuštěný). V roce 1919 založili místní Sokol, 1921 Orel. Po 2. světové válce bylo zřízeno JZD, které později přešlo pod Státní statek Nové Hrady. V červnu 2006 byl obci udělen u příležitosti 640 let od první zmínky vlastní prapor.
Jílovice 170, 373 32 Jílovice
ID datové schránky: 72gbrpb
IČO: 00245038